La Iglesia de Dios en El Salvador, para poder desarrollar todo el trabajo a nivel nacional ha dividido el trabajo en los siguiente departamentos:
- Directivas de Distrito
- Departamento Ministerial
- Departamento Femenil Nacional
- Departamento Juvenil Nacional
- Departamento Infantil Nacional
- Departamento Evangelismo Nacional
- Departamento Música Nacional
- Departamento de Proyección Social Nacional